Гонсало родился во французском городе Брест в 1987-м году в то время, как его отец выступал за местную футбольную команду. В возрасте десяти месяцев Игуаин вместе с родителями уехал из Франции, а в 2007-м году успешно получил аргентинское гражданство.  

Футбольная карьера футболиста началась в клубе «Ривер Плейт», где он и провел три сезона, начиная с 2004 года. Всего нападающий, способный сыграть на позиции вингера, сыграл 38 матчей, в которых забил 11 мячей, после чего попал в сферу внимания скаутов «Реала».  

Зимой 2006 года Игуаин подписал соглашение с мадридским клубом сроком на 6,5 лет. Проведя за оставшуюся часть сезона 19 матчей, футболист дважды поражал ворота соперников, а также дебютировал в матчах Лиги чемпионов. По итогам чемпионата аргентинец завоевал свою первую награду в карьере – «золото» испанского первенства. В следующем сезоне также часто часто выходил на поле и внес решающий вклад в победу королевского клуба в примере – его голевая передача и гол в матче против «Осасуны» досрочно принесли «Реалу» золотые медали. Отметился он и в самом начале сезона 2008/2009: его гол на 89-й минуте в игре с «Валенсией» принес «сливочным» их 8-й Суперкубок Испании.  

Двукратный чемпион Испании: 2006/07, 2007/08.

Обладатель Суперкубка Испании: 2008

Лучший игрок чемпионата Аргентины (2006, Апертура).

Лучший игрок Реал Мадрида (2008/09).